因为金相显微镜是光学仪器中相对来说很贵的仪器，所以相对来说如何保护它就成为客户关注的重点，金相显微镜中常见的疵病，有镜片生霉、生雾、开胶，表面镀膜层损坏或脱落，零件变形。润滑脂干涸，脏污等，其中镜片的生雾、生霉等状况尤为多。因此，合理处理金相显微镜中的防霉、防雾等，在金相显微镜的保养里是很重要的一个环节。
一、我们要保持金相显微镜良好的密封性。仪器使用、保管不当，密封收到破坏时，会使一股气流流入仪器内部，霉菌或附有霉菌孢子的螨虫便可能随气流侵入仪器内部。同时，如环境污染、尘土、脏污等物质和结雾核心亦会随之侵入仪器。因此，金相显微镜应防止曝嗮、火烤或长时间在严寒的户外使用。另外，擦拭仪器时，不应把密封油灰擦掉，存放时更严禁在物镜转化器或目镜筒上不安装物镜盖或防尘盖子。
二、保持金相显微镜干燥性。金相显微镜等应放置在离墙离地，靠南并远离潮湿的桌子或架子上。应经常实时地打开镜箱晾一晾，以达到通风干燥的目的。
三、化学杀菌和物理防霉。
用化学药品杀死进入金相显微镜的孢子，是近年来逐渐推广的方法。现在应用的有薰蒸杀菌剂和接触性杀菌剂，此外，经过长期实践，认为比较有效的防霉药品是H50.紫外线对霉菌有很强的杀伤力，特别是2400~3000埃的紫外线，对霉菌的杀伤力很强。
综上所述，针对金相显微镜的结构特点和产生疵病的原因，保管、保养的基本原则是要做到防震动、防撞击、防高温防潮湿及化学药品侵蚀等，以及正确使用和经常擦拭，保持环境和仪器的清洁。
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